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关于红字发票的问题，国家税务总局先后下发了两个文件，即《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》和《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》。根据文件规定，发票接受方主管税务机关和发票开具方主管税务机关均可以开具《开具红字增值税专用发票通知单》，具体情形如下：
1、发票接受方主管税务机关根据申请开具《通知单》情形：一是因为一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。二是经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。三是购买方所购货物不属于增值税扣税项目范围，取得的专用发票未经认证的，由购买方填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具通知单。购买方不作进项税额转出处理。
所以，你们单位遇到的问题我认为可以比照第三条处理，由购买方申报申请单，然后由其主管税务机关审核后开具通知单。
但是，问题是你单位开出的增值税发票是不是已经超出90日而尚未认证？购货方取得的进项增值税专用发票，应在该发票开票之日起90日内在主管国税机关进行认证。如已认证了发票，出现退货等情况，可以填写《开具红字增值税专用发票申请单》，经主管国税机关审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》，销售方凭此《开具红字增值税专用发票通知单》，开具红字发票冲减销售收入，购货方原取得的进项发票不需要退回。具体规定请参阅国税发（2006）156号和（2007）18号文件。如超过开票之日起90日该发票还没有认证，除不须抵扣的固定资产等产品或特殊情况外，目前没有好的解决办法，购货方不能抵扣进项，销售方也不能开具红字发票红冲销项。
