实验二 数据库内容结构与注释的浏览由刀豆文库小编整理，希望给你工作、学习、生活带来方便，猜你可能喜欢“实验二数据库与表”。
实验
二、数据库内容、结构与注释的浏览（3学时）目的：了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
内容：分别读取核酸序列及蛋白质序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释；学习如何使用NCBI的基因组图谱浏览器查看基因组数据。
1、登陆生物学院国家生物学理科基地网页，进入课件下载页面（注意去掉代理），下
载课程相关内容.rar文件，并进行解包。
2、读取课程相关内容-实验数据-实验二中的NM_006744.htm，参照教材第26页的表
2.1，第29-30页的表2.2，第31页的表2.3，第32页的表2.4以及樊映川的《生物信息学札记》附录6序列特征关键词表，仔细阅读记录中的信息，回答下列问题：
1）这是一个什么序列数据？
2）这一序列的最新更新时间？
3）这一序列可能修改过几次？
4）对这一基因的研究最早可追溯至哪年？
5）什么时间得到的基因mRNA全长？
6）此基因有无相关的蛋白质三维结构数据？
7）此基因的翻译从何处开始？写出最初的18个氨基酸残基序列。
8）写出此基因成熟肽的序列位置。
9）此基因的多聚腺苷酸信号是什么？
10）有几个polyA位点？
3、实验二中的CBI EMBL format_P02753, EMBL format_P02753以及NCBIP02753是
同一个蛋白质的三种不同表示形式，仔细进行对比，体会不同数据库的记录格式与结构，回答下列问题：
1）此蛋白序列的数据来源是哪个数据库？
2）此蛋白序列的最新注释信息更新是在哪一时间？
3）NCBI的分类数据库Taxonomy中ID为9606的是什么物种？
4）获取这一基因的器官是？
5）缺乏这一蛋白会引起什么样的病症？
6）在rbp缺乏的情况下，此蛋白的何处会发生何种变异？
7）此蛋白中二硫键有几个？各在什么位置？
8）此蛋白的长度及分子量。
4、打开实验二中的leptin-NCBI网页，此基因与小鼠的肥胖蛋白同源。仔细查看记
录内容，并在必要的时候联网操作。回答下列问题：
1）从何处可以了解到基因的功能？列举其中的五条（尽量使用中文）。
2）此蛋白的GeneOntology的功能是什么？
3）此蛋白会引起什么样的表型差异？
4）这一同源基因分别在小鼠、大鼠以及人类基因组上的染色体定位情况。
5）据目前的报道，这一蛋白参与了哪几条代谢途径？进入其中的一条，找到蛋白所在的pathway中的位置。
6）阅读Additional Links中的Genes and Disease 链接。（不必做答）
实验报告：回答上述红色字体的问题。请提交纸制报告。
