实验七 动态规划算法比对序列由刀豆文库小编整理，希望给你工作、学习、生活带来方便，猜你可能喜欢“序列比对动态规划算法”。
这个程序，如果你和同学的得分一样，但是比对结果不同。不用担心。打分规则里面，如果两种或者三种情况得分一样，就会有多条途径可走，所以，造成的比对结果不一样。我是这样认为的而上一个实验，就不会出现这种情况。因为打分规则的原因。此次实验打分规则里面的分太多了导致的。。具体懒得讲，自己去想。。。#!/usr/bin/perl-w $seq1=“YKRDKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVEYQTDKRHYAHIDCPGHADYIKNDGPMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDILLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNIMELMD”;$seq2=“IGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVIKNMITGAAQMDGAILVVAGTDGPMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDIALLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNALNEKAIMELMDAVDDYIP”;@seq1=split(//,$seq1);@seq2=split(//,$seq2);
#定义罚分规则 #$match=1;#$dismatch=0;$gap=-4;
%HoH=();
#初始化“双维关联数组”
$blosumFile='C:UsersAdministratorDesktopBLOSUM62.txt';&BLOSUM;
#从blosum文件，赋值“双维关联数组”%HoH
#打分矩阵第一列和第一行赋值 #$score[0][0]={0};$len1=(@seq1);$len2=(@seq2);
#横着赋值 for $i(0..$len1){ $score[0][$i]=$gap*$i;} #竖着赋值
for $j(0..$len2){
$score[$j][0]=$gap*$j;} #填充得分矩阵的其他位置 for $i(1..$len1){
$letter2=$seq2[$i-1];
for $j(1..$len2)
{
$letter1=$seq1[$j-1];
if($letter1 eq $letter2)#路线斜着走（要么匹配，要么容忍）
{
$diagonal=$score[$i-1][$j-1]+&getScore($seq1[$i-1],$seq2[$j-1]);
}
else
{
$diagonal=$score[$i-1][$j-1]+&getScore($seq1[$i-1],$seq2[$j-1]);
}
$up=$score[$i-1][$j]+$gap;#路线竖着走
$left=$score[$i][$j-1]+$gap;#路线横着走
#比较四种情况的最优得分
if($diagonal>=$up)
{
if($diagonal>=$left)
{
$score[$i][$j]=$diagonal;
$trace[$i][$j]=1;
}
else
{
$score[$i][$j]=$left;
$trace[$i][$j]=2;
}
}
else
{
if($up>=$left)
{
$score[$i][$j]=$up;
$trace[$i][$j]=3;
}
}
} }
else { $score[$i][$j]=$left;$trace[$i][$j]=2;} print “最高得分为$score[$i-1][$j-1]n”;
#在得分矩阵中，找到最优路径的标记，从而找到最优路径 $j = @seq1;$i = @seq2;$k = 0;#@align1;#@align2;
while(1){
if($i >0 && $j >0)
{
if($trace[$i][$j] ==1){
$align1[$k] = $seq1[$j-1];
$align2[$k] = $seq2[$i-1];
$k++;
$j--;
$i--;
next;
}
elsif($trace[$i][$j] == 2){
$align1[$k] = $seq1[$j-1];
$align2[$k] = “-”;
$k++;
$j--;
next;
}
elsif($trace[$i][$j] == 3){
$align1[$k] = “-”;
$align2[$k] = $seq2[$i-1];
$k++;
$i--;
next;
}
}
elsif($i==0&&$j!=0)
{
$align2[$k] =$seq1[$j-1];
$align1[$k] = “-”;
$k++;
$j--;
}
elsif($j==0&&$i!=0)
{
$align1[$k] =$seq2[$i-1];
$align2[$k] = “-”;
$k++;
$i--;
}
elsif($j==0&&$i==0){last;} } @align1 = reverse(@align1);@align2 = reverse(@align2);print“比对结果为：n”;print“序列1：@align1n”;print“序列2：@align2n”;
sub BLOSUM{
open(BLOSUM, $blosumFile)
or die “Can't open data.txt: $!”;
while(){
next if /^#/;
#忽略所有以 # 开始的行
#然后以空格为标准，劈开每一行，放入双维关联数组
($AA, $A, $R, $N, $D, $C, $Q, $E, $G, $H, $I, $L, $K, $M, $F, $P, $S, $T, $W, $Y, $V, $B, $Z, $X, $m)= split(' ');
$HoH{ $AA }{ 'A' } = $A;
$HoH{ $AA }{ 'R' } = $R;
$HoH{ $AA }{ 'N' } = $N;
$HoH{ $AA }{ 'D' } = $D;
$HoH{ $AA }{ 'C' } = $C;
$HoH{ $AA }{ 'Q' } = $Q;
$HoH{ $AA }{ 'E' } = $E;
$HoH{ $AA }{ 'G' } = $G;
$HoH{ $AA }{ 'H' } = $H;
$HoH{ $AA }{ 'I' } = $I;
$HoH{ $AA }{ 'L' } = $L;
$HoH{ $AA }{ 'K' } = $K;
$HoH{ $AA }{ 'M' } = $M;
$HoH{ $AA }{ 'F' } = $F;
$HoH{ $AA }{ 'P' } = $P;
$HoH{ $AA }{ 'S' } = $S;
$HoH{ $AA }{ 'T' } = $T;
$HoH{ $AA }{ 'W' } = $W;
$HoH{ $AA }{ 'Y' } = $Y;
$HoH{ $AA }{ 'V' } = $V;
$HoH{ $AA }{ 'B' } = $B;
$HoH{ $AA }{ 'Z' } = $Z;
$HoH{ $AA }{ 'X' } = $X;
$m=-4;
}
close(BLOSUM);}
sub getScore{
#检查是否存在相应的key值，并返回得分
if(exists($HoH{$_[0]}{$_[1]})){ # if the named key exists, irrespective of its value
return $HoH{$_[0]}{$_[1]};
} }
