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答：该国有企业破产过程中，主要有以下违法之处：
1、糖厂厂长决定申请宣告破产违法。因为该糖厂只有因经营管理不善造成严重亏损，不能清偿到期债务的，并经其上级主管部门同意后，才可以申请宣告破产。
2、向本企业所在区的人民法院申请宣告破产违反级别管辖规定。因为该糖厂是Z市的国有企业，应由Z市中级人民法院管辖。
3、法院受理后由糖厂厂长召集并主持债权人会议违法。国为根据企业破产法规定：第一次债权人会议由人民法院召集，应当在债权申报期限届满后十五日内召开。第一次债权人会议由人民法院主持。
4、法院指定有财产担保未放弃优先受偿权的债权人潘某担任债权人会议主席违法。因为有财产担保的债权人未放弃优先受偿权利不享有表决权，而债权人会议主席是由人民法院从有表决权的债权人中指定。所以潘某不能担任债权人会议主席。
5、法院裁定糖厂所有的债务保证人为债权人会议成员享有表决权违法。因为债务人的保证人，只有在代替债务人清偿债务后才可以作为债权人，享有表决权。
6、经占无财产担保债权总额的1/5以上的债权人请求，法院召开了第二次债权人会议违法。因为第二次的债权人会议应在人民法院或者会议主席认为必要时召开，或在清算组或者占无财产担保债权总额的四分之一以上的债权人要求时召开。
7、破产企业由其上级主管部门接管并进行清算违法。因为人民法院应当自宣告企业破产之日起十五日内成立清算组，接管破产企业。清算组负责破产财产的保管、清理、估价、处理和分配。清算组成员由人民法院从企业上级主管部门、政府财政部门等有关部门和专业人员中指定。
