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LSF简易使用手册
(2011-02-22 14:28:19)
LSF（Load Sharing Facility）是由platform公司开发的分布资源管理工具。它用来调度、监视、分析联网计算机的负载，可以对Cluster机群的资源统一调度和监控。
一 LSF使用方法
1、设置环境变量：
用户使用LSF前，应设置相应的环境变量：
csh用户，登录系统后执行
source /export/lsf/conf/cshrc.lsf
bash用户，登录系统后执行
./export/lsf/conf/profile.lsf
用户也可写入.cshrc或.bashrc，则登录后就能设置相应的环境变量。
2、提交作业
LSF 使用bsub命令来提交作业。
bsub命令常见用法如下：
bsub –n z –q QUEUENAME –iinputfile –o outputfile COMMAND
其中z代表了提交作业需要的cpu数，–q指定作业提交到的队列，创建时间：2006-12-12 15:54:00 1
如果不采用–q选项，系统把作业提交到默认作业队列（作业队列详细介绍请看下一节）。inputfile代表程序需要读入的文件名（例如namelist等），outputfile代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。COMMAND是用户要运行的程序。
（1）对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名
例如，对一个运行时间12小时内完成的串行作业mytest，提交方式为： bsub –n 1 –q QS_Norm –o mytest.out./mytest
（2）对于并行作业COMMAND为“–a mpich_gmmpirun.lsf程序名”
因为并行作业必须用到MyriNET库，所以提交的时候必须使用
–a mpich_gmmpirun.lsf
例如对于一个12个小时内完成，使用16个cpu的并行作业mytest，提交方式为： bsub –n 16 –q QN_Norm –o mytest.out –a mpich_gmmpirun.lsf./mytest 目前，系统规定每个用户最多只能使用16个cpu。
3、使用脚本提交作业
bsub命令可以使用输入脚本多次提交具有相同参数的作业，格式为：创建时间：2006-12-12 15:54:00 2
#BSUB –n Z #BSUB –q QUEUENAME #BSUB –o OUTPUTFILE COMMAND
该脚本的参数与命令行
“ bsub –n Z –q QUEUENAME –o outputfile COMMAND”参数相同。
提交时为bsub
例如要提交一个12小时内完成，需要16个cpu的并行作业mytest，可以编写作业脚本bsub.scriptfile
#BSUB –n 16
#BSUB –q QN_Norm
#BSUB –o mytest.out
–a mpich_gmmpirun.lsf./mytest
作业提交方法为：bsub
二、LSF队列状况
LSF分了如下几个作业组：
1、长时间并行作业组（LSF管理）
（1）QL_Norm队列创建时间：2006-12-12 15:54:00 3
该队列用于运行长时间并行作业，作业不限执行时间。作业规模限制为：最多使用16个CPU。
2、串行作业组（LSF管理）
（1）QS_Norm队列该队列用于串行短时间作业，最长作业执行时间为 12小时。
（2）QS_Long该队列专用于长时间串行作业，作业不限执行时间。
3、短时间并行作业组（LSF管理）
（1）QN_Norm队列该队列用于运行短时间并行作业，最长作业执行时间为12小时。
（2）QN_Debug队列
该队列用于调试或试算，最长作业执行时间为5分钟。
请用户根据自己的需求，选择适当的作业组进行作业提交。
附：队列命名潜规则
新的队列命名遵循一定的潜规则，下面详细解释队列名中各字母的含义：
QL_Norm：Q代表queues；L代表long，表示该队列运行长时间并行作业；
QN_Norm：Q代表queues；N代表normal，表示该队列运行短时间
并行作业；
QS_Norm：Q代表queues；S代表serial，表示该队列运行短时间串行作业；
QS_Long：Q代表queues；S代表serial，表示该队列运行串行作业；Long表示长时间运行；（同中科院网络中心深腾6800）
三查看作业状态和删除作业等
几个常用的指令：
bjobs检查提交作业状态
bjobs
bjobs-w
bjobs –r 显示正在运行的作业
bjobs –a 显示正在运行的和最近完成的作业
bjobs-p 显示等待运行的作业和等待原因
bjobs –s 显示正在挂起的作业和挂起的原因
bjobs-l 显示该作业的所有信息
bhist显示最近完成作业或正在运行作业的历史情况
bhist
bkill删除不需要的作业
bkill
bkill –r
bpeek当作业正在运行时显示它的标准输出，监视作业运行
bpeek
bqueues显示队列信息
bqueues
bqueues –l
bhosts显示各节点作业相关情况
bhosts
bhosts
lsload显示各节点负载信息
lsload
lsload
lshosts处理各节点静态资源信息
lshosts
lshosts
作业提交（命令行方式）
l队列设置（bqueues命令查看）：
Parallel：此队列有64个节点，计算网络是infiniband（40G），每个节点有12个计算核心，24G内存；适合跨节点并行计算。
smp_high：此队列有40个节点，计算网络是以太网，每个节点有12个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。
smp：此队列有48个节点，计算网络是以太网，每个节点有8个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。
l应用设置（bapp命令查看）：
amber
g03
gauian（g09）
gromacs
ms
l脚本范例
Amber（把下面内容编写成脚本）
#BSUB-q smp（选择队列）
#BSUB-app amber（应用）
#BSUB-o %J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB-o %J.err（错误输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB-a openmpi（编译器）
#BSUB-n 8（计算核心的数量）
mpirun.lsfsander.MPI-O-i min_2ojn.in-o min_2ojn.out-p 2ojn.top-c 2ojn.crd
-r min_2ojn.rst-inf min_2ojn.inf
G03（把下面内容编写成脚本）
#BSUB-q smp（选择队列）
#BSUB-app g03（应用）
#BSUB-k“/lustre/home/wangxj 60”（保存断点，作业停了可以继续运行）
#BSUB-o %J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB-n 8（计算核心的数量）
g031reo6T-3.gjf
G09（把下面内容编写成脚本）
#BSUB-q smp_high（选择队列）
#BSUB-app gauian（应用）
#BSUB-o %J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）#BSUB-e %J.err（错误输出文件，以作业号为文件名）#BSUB-n 12（计算核心的数量）
#BSUB-R “span[hosts=1]”（12个计算核心在一台机器上）g09 TS3-4_3.com
Gromacs（把下面内容编写成脚本）
#BSUB-q parallel（选择队列）
#BSUB-app gromacs（应用）
#BSUB-a intelmpi（MPI）
#BSUB-o %J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）#BSUB-e %J.err（错误输出文件，以作业号为文件名）#BSUB-n 12（计算核心的数量）
#BSUB-R “span[ptile=6]”（每个节点用6个计算核心）
mpirun.lsfmdrun-v-s md.tpr-c md.gro-e md.edr-o md.trr-g md.log
MS5.5（把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB-q parallel
#BSUB-app ms
#BSUB-o %J.out
#BSUB-e %J.err
#BSUB-n 12
#BSUB-R “span[ptile=6]”
#BSUB-R “rusage[mslic=1]”（判断模块license是否被占用）
/home/msi/Accelrys/MS55_IB/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh-np 2 A或者
/home/MS55/Accelrys/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh-np 2 A
Fluent（把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB-q parallel
#BSUB-app fluent
#BSUB-o %J.out
#BSUB-e %J.err
#BSUB-n 12
fluent 3d-itest.jou-t8-g IB网络）（（不限网络）
Matlab（把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB-q parallel
#BSUB-app matlab
#BSUB-o %J.out
#BSUB-e %J.err
#BSUB-n 1
matlab-nodisplay-r example(example--->example.m文件)
并行程序（自编）
自己编写程序提交方式,在配置文件中添加：
source /home/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh
脚本样例：
#BSUB-q smp
#BSUB-n 8
#BSUB-o %J.out
#BSUB-e %J.err
#BSUB-a intelmpi
mpirun.lsf./并行可执行文件
作业提交
bsub
